Abstract Health care workers (HCWs) are at high risk for SARS-CoV-2. In addition, pre-symptomatic or asymptomatic transmission accounts for around half of the cases. Saliva testingis an option to detect SARS-CoV-2 infection. To determine the performance of saliva samplesfor screening, HCWs were tested for SARS-CoV-2 by RT-PCR. Those with a positive result insaliva were tested by nasopharyngeal swabbing for viral RNA detection and blood collectionto search for the presence of specific antibodies. In September---October 2020, 100 HCWs wereenrolled and followed up. Six subjects (6%) tested positive in saliva. Of them, 5/6 were positivein a subsequent nasopharyngeal swab and 4/6 developed signs and symptoms compatible withCOVID-19. Among the latter, 3 seroconverted while asymptomatic HCWs remained seronega-tive. Saliva screening was helpful for identifying SARS-CoV-2 infection in HCWs. This screeningpermitted rapid personnel isolation avoiding further transmission of the virus in the hospitalsetting.

Resumen El personal de salud (PS) tiene un alto riesgo de contraer SARS-CoV-2. La transmisión presintomática/asintomática representa alrededor de la mitad de los casos y el análisis a partir de muestras de saliva puede ser una opción para detectar la infección. Para determinar el rendimiento de estas muestras, 100 voluntarios del PS se sometieron a la detección de SARS-CoV-2 por RT-PCR en muestras de saliva en el período septiembre-octubre de 2020. De aquellos con resultado positivo en saliva, se tomaron hisopados nasofaríngeos para detectar ARN viral y muestras de suero para evaluar anticuerpos específicos. Se detectó ARN viral en la saliva de seis individuos (6%). De ellos, 5/6 fueron SARS-CoV-2 positivos en hisopado nasofaríngeo y 4/6 desarrollaron signos y síntomas compatibles con COVID-19. Entre estos últimos, tres serocon-virtieron, en tanto que los voluntarios asintomáticos permanecieron seronegativos. La muestra de saliva fue útil para identificar la infección por SARS-CoV-2 en esta cohorte del personal de salud y así proceder al rápido aislamiento de los individuos infectados, lo que evitó una mayor transmisión del virus en el ámbito hospitalario.

Acute respiratory infections, which are commonly caused by viruses, are an important cause of morbidity and mortality in children. In Argentina, national surveillance programs for the detection of respiratory viruses are usually performed by using immunofluorescence (IF) assays, although it is well known that molecular methods are more sensitive. An automated multiplex PCR device, the FilmArray-Respiratory Panel (FilmArray-RP), can detect 17 viral and 3 bacterial pathogens in a closed system that requires only 5 min of hands-on time and 1 h of instrumentation time. A total of 315 respiratory samples from children under 6 years of age suffering from acute respiratory infections, were studied by IF for 8 respiratory viruses and by RT-PCR for rhinoviruses. Later, these samples were tested by the FilmArray-RP. The positivity frequency obtained for the 9 viruses tested was 75 % by IF/RT-PCR and 92 % by the FilmArray-RP. The positive and negative percent agreement between both methods was 70.5 % whereas the negative percent agreement was 99.6 % (95 % confidence interval:65.5-75.1 and 99.2-99.8 respectively). The FilmArray-RP allowed a higher positive diagnosis (97 %) and detected other viruses such as coronavirus NL63, 229E, OC43, HKU1 (10 %) and bocavirus (18 %). In addition, this method identified multiple coinfections (39 %) with 2, 3, 4 and up to 5 different viruses. At present, IF is still the most frequently used method in most Latin American countries for respiratory viruses diagnosis due to its low cost, its capability to process a high number of samples simultaneously and the fast determination of results for the most frequent viruses, which are available within 5 h. However, the coming incorporation of molecular methods in routine procedures will significantly increase the diagnostic yield of these infections.

Las infecciones respiratorias agudas producen una importante morbimortalidad y comúnmente son causadas por virus. En Argentina, los programas de vigilancia epidemiológica se basan en la detección de antígenos virales por inmunofluorescencia (IF), aunque es bien conocido que los métodos moleculares son más sensibles. El panel respiratorio (PR) FilmArray (PR-FilmArray) es un equipo comercial automatizado de PCR múltiples que detecta 17 virus respiratorios y 3 bacterias, en un sistema cerrado que requiere 5 min de procesamiento y una 1 h de instrumentación. Se evaluó un total de 315 muestras respiratorias de niños menores de 6 años con infecciones respiratorias agudas por IF para 8 virus respiratorios y por RT-PCR para rinovirus. Posteriormente, estas muestras se estudiaron con el PR-FilmArray. La frecuencia de positividad al considerar los 9 virus estudiados por IF y RT-PCR fue del 75 %; por PR-FilmArray fue del 92 %. El porcentaje de acuerdo positivo entre ambas metodologías fue del 70,5 % y el de acuerdo negativo fue del 99,6 % (intervalo de confianza 95 %: 65,5-75,1 y 99,2-99,8, respectivamente). El PR-FilmArray permitió obtener un mayor diagnóstico positivo (97 %) y detectó otros virus, como los coronavirus NL63, 229E, OC43 y HKU1 (10 %) y los bocavirus (18 %). Además, permitió identificar coinfecciones múltiples (39 %) con 2, 3, 4 y hasta 5 virus. Actualmente, la IF continúa siendo el método más utilizado en los países latinoamericanos para el diagnóstico de virus respiratorios por su bajo costo, por su capacidad para procesar un alto número de muestras simultáneamente y porque los resultados de los virus más frecuentes están disponibles en 5 h. Sin embargo, la futura incorporación de métodos moleculares aumentaría notablemente la capacidad diagnóstica.

Human rhinoviruses (HRV), the major cause of common colds, have a significant genetic diversity and are classified into 3 species (A, B, C) with more than 100 serotypes. HRV species C, described in 2006, can only be detected using molecular methods. The objectives of this paper were to adapt a real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for HRV detection and to further determine the frequency of HRV in respiratory samples from children under 2 years of age, with acute respiratory infection (ARI), from Buenos Aires, Argentina. Two real-time RT-PCR assays amplifying the 207 base pair of the 5' non-coding region were compared. The original protocol includes locked nucleic acid analogues and a pyrimidine derivative in the forward primer, while the adapted protocol avoided those molecules. Of 67 respiratory samples, 17 (25.4 %) were positive with the original protocol, and 20 (29.9 %) with the adapted one. Discrepant results were confirmed by sequencing analysis. An expanded gold standard was defined to determine the performance of both assays, and was used to describe the clinical characteristics of positive patients. Better sensitivity and specificity were obtained with the adapted protocol. Considering the expanded gold standard, HRV were detected in 23/67 (34.3 %) patients with ARI: 8/18 (44.4%) outpatients and 15/49 (30.6 %) hospitalized. Wheezing episodes were more frequent in HRV positive patients (43.5 %) than in HRV negative patients (18.2 %) (p = 0.041). This study describes the utility and clinical sensitivity of an adapted real-time RT-PCR assay for HRV detection.

Los rinovirus humanos (RVH) constituyen la principal causa de resfrío común y poseen una gran diversidad genética, con más de 100 serotipos clasificados en tres especies (A, B, C). Los RVH C fueron descritos en 2006 y solo pueden detectarse utilizando métodos moleculares. El objetivo del presente trabajo fue adaptar un protocolo de transcripción reversa seguida de reacción en cadena de polimerasa (RT-PCR) en tiempo real para detectar RVH y posteriormente determinar su frecuencia en muestras de niños menores de 2 años con infección respiratoria aguda (IRA). Se compararon dos protocolos de RT-PCR en tiempo real, que amplifican 207 pares de bases de la región 5' no codificante. El protocolo original incluyó un cebador directo con análogos de nucleótidos bloqueados (LNA) y un derivado pirimidínico en su secuencia, mientras que el protocolo adaptado no los incluyó. De 67 muestras, 17 (25,4 %) fueron positivas con el protocolo original y 20 (29,9 %) con el protocolo adaptado; los resultados discrepantes se confirmaron por secuenciación. Se definió un gold standard expandido para determinar el desempeño de ambos ensayos y describir las características clínicas de los pacientes RVH positivos. La mejor sensibilidad y especificidad se obtuvo con el protocolo adaptado. Considerando el gold standard expandido, se detectó RVH en 23/67 (34,3 %) pacientes con IRA: 44,4 % (8/18) ambulatorios y 30,6 % (15/49) internados. Los episodios de sibilancias fueron más frecuentes en pacientes RVH positivos (43,5 %) que en RVH negativos (18,2 %) (p = 0,041). El presente estudio describe la utilidad y la sensibilidad clínica de esta RT-PCR en tiempo real adaptada para detectar RVH.

Molecular methods for human rhinoviruses (HRV) have increased the sensitivity in their diagnosis. HRV may cause acute respiratory infections (ARI) of the upper and lower respiratory tract. HRV infection during childhood is a predictor of asthma development. In this study, the HRV frequency in outpatient children with ARI was determined, and their clinical features and previous conditions were evaluated. A total of 186 respiratory samples of children under 6 year old attending the CEMIC pediatric emergency room from June 1, 2008 to May 31, 2010, were studied. Classical respiratory viruses were detected by immunofluorescence. A real time RT-PCR that amplifies part of the 5' non coding genomic region was used for HRV detection. Viral detection was obtained in 61% of children. The frequency was: 27% for HRV, 16% for respiratory syncytial virus (RSV), 9% for influenza, 8% for parainfluenza, 7% for metapneumovirus and 0.5% for adenovirus. Dual coinfection was detected in 8 children and HRV were the most frequent, detected in 4 of them. HRV circulated during the two year period of the study, with peaks during winter and spring. No clinical difference was observed between patients with or without HRV, except an increase percent of children with HRV without fever. HRV were the most frequent viruses detected in this population, mainly in children under 2 year old, the second cause of bronchiolitis after RSV and more frequently detected in children exposed to passive smoking (OR = 2.91; p = 0.012), and were detected as the sole etiologic agent in 28% of bronchiolitis.

Los métodos moleculares para diagnosticar rinovirus humanos (RVH) han aumentado la sensibilidad de detección. Esto ha permitido documentar la asociación entre los RVH y las infecciones respiratorias agudas (IRA) altas y bajas. La infección por RVH durante la infancia se asoció con posterior desarrollo de asma. Se estudió la frecuencia de RVH en 186 niños menores de 6 años ambulatorios con IRA (alta o baja), durante 2 años consecutivos (1/6/2008 - 31/5/2010). Se correlacionó la presencia de RVH con los antecedentes y características clínico-epidemiológicas. La detección de RVH se realizó con una RT-PCR en tiempo real que amplifica parte de la región 5' no codificante del genoma. Los virus respiratorios clásicos se estudiaron por inmunofluorescencia. En el 61% de los niños se detectó etiología viral. Las frecuencias fueron: RVH 27%, virus sincicial respiratorio (VSR) 16%, influenza A y B 9%, parainfluenza 8%, metapneumovirus 7% y adenovirus 0.5%. Se observaron coinfecciones duales en 8 casos, siendo RVH el más frecuente (en 4 de ellos). Los RVH circularon durante todo el período estudiado, con picos en invierno y primavera. No se observaron diferencias clínico-epidemiológicas significativas entre pacientes con o sin RVH, excepto un mayor porcentaje de niños afebriles con RVH. Los RVH fueron los virus más detectados en niños ambulatorios, principalmente en menores de 2 años, los segundos virus asociados a bronquiolitis, luego del VSR, y detectados tres veces más en los niños expuestos a tabaquismo pasivo (OR: 2,91; p = 0.012) que en el resto. Fueron identificados como único agente en el 28% de las bronquiolitis.

Introduction. Acute respiratory infections (ARI) are a major cause of hospitalization particularly at the extreme ages of life. Objectives. To determine the viral diagnosis in children < 5 years old with ARI, seasonality, clinical and epidemiological characteristics. Population and methods. A cross-sectional, descriptive and multicenter study was performed. Respiratory samples from patients with ARI hospitalized or outpatients with < 5 days of respiratory symptoms from June 2008 to May 2009 were studied for respiratory viruses. Clinical and demographic data were recorded. Results. A total of 347 patients were enrolled: 234 hospitalized and 112 outpatients. Hospitalized patients were younger compared with outpatients (8 vs. 19 months, p <0.001) and presented more frequently bronchiolitis (74% hospitalized vs. 24% outpatients) and pneumonia (14% hospitalized vs. 5% outpatients). Age was statistically associated with hospitalization (p= 0.01). Viral diagnosis was achieved in 81% hospitalized and 57% of outpatients. Rhinovirus was the most frequent followed by respiratory syncytial virus. The rest of respiratory viruses were observed with lower frequency. Viral circulation was observed throughout the whole year. The median length of stay was 3.5 days. Intensive care was required in 11% of hospitalized patients and 3% required mechanical ventilation. No deaths were recorded. Conclusions. The use of viral diagnostic techniques allowed the identifcation of an etiologic agent in most of the hospitalized patients and more than half of outpatients. The addition of RT-PCR for rhinovirus, allowed the identifcation of this etiologic agent. Viral circulation was observed throughout the whole year. Hospitalized patients presented bronchiolitis and pneumonia more frequently than outpatients.

Introducción. Las infecciones respiratorias agudas (IRA) son la mayor causa de hospitalización en edades extremas de la vida. Objetivos. Identifcar los agentes etiológicos de IRA viral en niños < 5 años hospitalizados y ambulatorios; describir estacionalidad y características clínico-epidemiológicas de la enfermedad. Población y métodos. Estudio descriptivo, transversal y multicéntrico en dos centros privados de Buenos Aires, en niños con IRA alta y baja. Se registraron antecedentes, cuadros clínicos y estudios virológicos. Resultados. Se estudiaron 347 pacientes: 235 hospitalizados; 112 ambulatorios. Los hospitalizados fueron menores que los ambulatorios (8 vs. 19 meses, p <0,001), presentaron más frecuentemente bronquiolitis (74% hospitalizados vs. 24% ambulatorios) y neumonía (14% hospitalizados vs. 5% ambulatorios). Solo la edad se asoció signifcativamente a hospitalización (p= 0,01). Se identifcó etiología viral en 81% de los hospitalizados y 57% de los ambulatorios. El virus más frecuente fue rinovirus seguido por virus respiratorio sincicial. Se observó circulación viral durante todo el año, especialmente en otoño e invierno. En pacientes hospitalizados, la mediana de hospitalización fue 3,5 días. Requirieron cuidados intensivos 25 (11%) pacientes, y 7 (3%) recibieron asistencia ventilatoria mecánica. No hubo letalidad. Conclusiones. Las técnicas de diagnóstico virológico permitieron identifcar agentes etiológicos en la mayoría de los pacientes hospitalizados y en más de la mitad de los ambulatorios con IRA. La incorporación de RT-PCR para rinovirus, permitió la identifcación de este agente etiológico. La circulación viral se observó a lo largo de todo el año. La bronquiolitis fue causa de internación en 174/201 (86,5%) niños con IRA y la neumonía en 33/39 (84,6%) niños.

BK virus nephropathy may lead to kidney transplant failure. BK infection and acute rejection are clinically undistinguishable, therefore diagnosis of these entities is critical to establish the correct treatment. The new molecular methods using PCR and real time PCR have significantly contributed to the rapid and sensitive diagnosis of BK virus. Furthermore, viral load determination in plasma has significantly been associated with BK virus nephropathy. Definite diagnosis of nephropathy requires renal biopsy, although due to the multifocal nature of the disease sensitivity may be less than 100%. BK detection in blood and urine by PCR has contributed to the diagnosis of nephropathy in a more standardized and less invasive way. Recently, quantification of BK virus in plasma has been used for the diagnosis and monitoring of this disease. In the present study, we describe the validation of a real time PCR method for BK virus detection in plasma and urine and its application for diagnosis and monitoring in a renal transplant patient with nephropathy.

La nefropatía producida por el virus BK puede llevar a la pérdida del trasplante renal. El diagnóstico etiológico es importante debido a que la clínica no permite diferenciar entre nefropatía por virus BK y rechazo agudo, en donde los tratamientos de estas dos entidades son diametralmente opuestos. El desarrollo reciente de métodos moleculares muy sensibles y específicos como PCR y PCR en tiempo real para virus BK permiten un diagnóstico de certeza en forma rápida y cuantificar la carga viral presente. El diagnóstico de nefropatía por virus BK se realiza por inmunohistoquímica en una biopsia renal, pero dada la naturaleza multifocal de las lesiones, la sensibilidad no siempre es del 100%. Los nuevos métodos de PCR para detectar virus BK en sangre y orina contribuyen al diagnóstico de nefropatía de una manera más normatizada y menos invasiva. Más aún, la cuantificación del virus BK en sangre por PCR en tiempo real, ha demostrado ser útil en el diagnóstico y monitoreo de esta enfermedad. En este trabajo se presenta el caso de una paciente transplantada renal con nefropatía por virus BK y el desarrollo de un método de PCR en tiempo real para la detección de virus BK en sangre y orina. Esta nueva metodología confirmó el diagnóstico de nefropatía por virus BK lo que permitió un cambio en el esquema de inmunosupresión y la instauración de un tratamiento que pudo ser monitorizado utilizando la carga viral.